北京大学元培学院前身是2001年成立的元培计划实验班，是在北京大学积极承担新时期中国高等教育体制改革重任，探索新时期高水平研究型大学本科人才培养新模式的背景下诞生的具有示范性的优质本科教学基地。

学院以北大老校长蔡元培先生的名字命名，在借鉴世界优秀大学的成功经验基础上，坚持贯彻加强基础、促进交叉、尊重选择、卓越教学的方针，建立起一套中国特色的博雅教育模式和北大风格的本科人才培养模式。学院践行蔡元培老校长“尚自然展个性、化孤独为共同”的理念，以自由学习平台和书院共同体的打造为主线，持续完善全方位新生教育体系，坚持创新元培特色通识教育体系，通识教育与专业教育相结合，不断推动跨学科发展，创建国际一流跨学科学习平台，深入探索中国特色住宿制书院建设，形成以“自主学习、自由探索、完全人格、共同生活”为特色的自由学习生活共同体，引导同学们增强对于知识和自我进行持续深入探索的能力，培养具备完整人格的新世纪各行业高素质领军人才。